Er zijn twee organisaties, die minipaardjes registreren:
- "The American Miniature Horse Association" uit Texas, dit is de grootste.
- "The American Miniature Horse Registry" uit Illinois, dit is de oudste.

Er zijn grote verschillen tussen deze twee organisaties, maar er is ook één overeenkomt. Deze is dat ze allebei op hoogte registreren. De AMHA registreert alleen paarden die volgroeid maximaal 34" zijn, als ze 5 jaar oud zijn.
Tevens moet het veulen voortgekomen zijn uit twee AMHA geregistreerde paardjes om registreert te mogen worden.

Het AMHR heeft twee aparte hoogte afdelingen:
Klasse A: Paarden die volgroeid maximaal 34" zijn, als ze 3 jaar oud zijn.
KLasse B: Paarden die volgroeid hoger dan 34" zijn maar maximaal 38" , als ze 3 jaar oud zijn.
Paarden die bij het AMHA geregistreerd staan mogen worden geregistreerd bij het AMHR tegen een vergoeding. Paarden die bij het AMHA én het AMHR geregistreerd staan, zijn dubbel geregistreerd.

AMHA erkent geen AMHR geregistreerde minipaarden. Volwassen paarden, waaronder ook AMHR geregistreede minipaarden die maximaal 34" zijn kunnen 'lastig' worden opgenomen in het AMHA.
Er is een "hardship" vergoeding en ene inspectie door een AMHA inspecteur voor nodig. De vergoeding is tamelijk duur en ze moeten worden vooruit betaald. Bij afkeuring wordt dit bedrag niet terug vergoed.
Veulens die voortgekomen zijn uit een AMHA - en AMHR geregistreerde ouder kunnen niet bij het AMHA worden geregistreerd, deze kunnen echter wel bij het AMHR worden geregistreerd op voorwaarde dat het AMHA ouder ook bij het AMHR geregistreerd wordt.
Bij beide registers krijgen veulens en 'onvolwassen' paarden een tijdelijk registratie certificaat.

De AMHA vereist DNA testen van paardjes waarmee gefokt gaar worden. Veulens van DNA geteste ouders zijn "Parentage Qualified" door DNA, dit betekent dat hun ouders ook daadwerkelijk hun ouders zijn. Foto's van het paard zijn vereist om geregistreerd te worden. De foto wordt op de achterkant van het registratie certificaat geplaatst.
Foto's zijn ook vereist als er een verwisseling van eigenaar plaats vind en wanneer een paard voorgoed bij een eigenaar komt op 5 jarige leeftijd. Er wordt dan een nieuw certificaat aangemaakt waarbij de foto's worden vernieuwd.

Het AMHR vereist geen foto of DNA test om het paard te kunnen laten registreren of bij overdracht op een nieuwe eigenaar. Als het paard voorgoed naar iemand toegaat verander het uiterlijk van het certificaat niet. Alleen de letter 'T' verandert in 'A' of 'B', afhankelijk van de klasse waarin het paard valt.
Toen het AMHA werd opgericht zijn er een anatal paarden geregistreerd die afkomstig waren uit het AMHR en andere soortgelijke registratie organisaties.
Tegenwoordig zult u nog veel paarden vinden die terugverwijzen naar het AMHR. Behalve de verschillen kwa registratie zijn alle paarden hetzelfde, de ene is niet beter dan de andere.

Het is een kwestie van persoonlijke voorkeur welk register het beste bij u past, misschien is er voor u geen verschil.
Sommige fokkers hebben een voorkeur voor het AMHA, vanwege de strikte regels voor registratie. Andere fokkers vinden het AMHR beter, vanwege het gemak van registreren bij die organisatie.

Waar u uw paard laat registreren is aan u.. U moet zelf een aantal punten opstellen wat u met uw paarden wilt gaan doen. Wilt u fokken, rijden, showen, racen of alleen maar voor het plezier..? Vind u kleine minipaardjes mooier of juist de wat grotere?
Als u met de paarden wilt gaan fokken, welke soort worden goed verkocht in uw gebied?
Als u met de paardjes wilt gaan showen, moet u kijken wat voor soort show. Er zijn shows voor enkel AMHA - of enkel AMHR geregistreerde paarden.
Als u deze vragen heeft beantwoord zal de keuze tussen het AMHA of het AMHR een stuk gemakkelijker zijn.